El acceso al administrador de archivos en HestiaCP se hace mediante el icono superior en la seccion principal de HestiaCP como se indica en la siguiente imagen:
Luego una ves dentro del administrador de archivos les va aparecer un arbol de acceso, donde deberan seguir los pasos siguientes haciendo CLIC para poder acceder al raiz de su sitio web:
Web - tudominio.com - public_html
como se indica en la imagen siguiente:
y listo, ya podes cargar/subir/modificar/eliminar archivos como cualquier otro "Administrador de Archivos", añadiendo "Archivos" o "Crear Carpeta".